1. Jornada 27.07.2008 Fortuna Düsseldorf - SC Paderborn 07 1:4 Gol
2. Jornada 02.08.2008 SC Paderborn 07 - SpVgg Unterhaching 1:1
7. Jornada 20.09.2008 Kickers Emden - SC Paderborn 07 1:2
9. Jornada 03.10.2008 Stuttgart II - SC Paderborn 07 1:2
10. Jornada 18.10.2008 SC Paderborn 07 - Kickers Offenbach 0:0
11. Jornada 25.10.2008 1. FC Union Berlin - SC Paderborn 07 3:2 Gol
13. Jornada 02.11.2008 Dynamo Dresden - SC Paderborn 07 0:3
14. Jornada 09.11.2008 SC Paderborn 07 - Eintracht Braunschweig 2:1
15. Jornada 15.11.2008 FC Carl Zeiss Jena - SC Paderborn 07 2:4
17. Jornada 28.11.2008 Werder Bremen II - SC Paderborn 07 2:3
18. Jornada 06.12.2008 Wacker Burghausen - SC Paderborn 07 2:0
19. Jornada 13.12.2008 SC Paderborn 07 - Stuttgarter Kickers 2:0
20. Jornada 20.12.2008 SC Paderborn 07 - Fortuna Düsseldorf 0:0
21. Jornada 08.02.2009 SpVgg Unterhaching - SC Paderborn 07 2:1
22. Jornada 14.02.2009 SC Paderborn 07 - SV Sandhausen 1:2
24. Jornada 28.02.2009 SC Paderborn 07 - Erzgebirge Aue 0:0
23. Jornada 18.03.2009 Jahn Regensburg - SC Paderborn 07 0:4
28. Jornada 27.03.2009 SC Paderborn 07 - Stuttgart II 1:1
29. Jornada 01.04.2009 Kickers Offenbach - SC Paderborn 07 0:0
31. Jornada 11.04.2009 Wuppertaler SV - SC Paderborn 07 0:1
32. Jornada 18.04.2009 SC Paderborn 07 - Dynamo Dresden 1:2
34. Jornada 02.05.2009 SC Paderborn 07 - FC Carl Zeiss Jena 2:0
35. Jornada 09.05.2009 VfR Aalen - SC Paderborn 07 3:3 Tarjeta amarilla
37. Jornada 16.05.2009 SC Paderborn 07 - Wacker Burghausen 6:0
38. Jornada 23.05.2009 Stuttgarter Kickers - SC Paderborn 07 0:3