| 22. Jornada | 04.02.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hertha II | 4:1 | ||||
| 24. Jornada | 19.02.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Chemnitzer FC | 3:1 |  |
|||
| 28. Jornada | 17.03.2006 | SG Wattenscheid 09 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 23. Jornada | 21.03.2006 | Preußen Münster | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | |
|||
| 29. Jornada | 25.03.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiss Essen | 3:1 |  |
|||
| 26. Jornada | 28.03.2006 | Holstein Kiel | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 30. Jornada | 01.04.2006 | Colonia | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | |
|||
| 31. Jornada | 08.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 32. Jornada | 16.04.2006 | Hamburgo II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 19.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 1:0 | |
|||
| 33. Jornada | 23.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 34. Jornada | 29.04.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 35. Jornada | 06.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Emden | 2:0 |
Alemania