| 1. Jornada | 04.08.2012 | FC St. Pauli II | - | BV Cloppenburg | 4:2 |  |
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| 2. Jornada | 11.08.2012 | VfB Oldenburg | - | FC St. Pauli II | 1:2 | ||||
| 4. Jornada | 26.08.2012 | Schwarz-Weiß Rehden | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 5. Jornada | 28.08.2012 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli II | 6:0 | ||||
| 6. Jornada | 06.09.2012 | FC St. Pauli II | - | VfB Lübeck | anu. |  |
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| 7. Jornada | 14.09.2012 | Wolfsburgo II | - | FC St. Pauli II | 3:0 | ||||
| 8. Jornada | 22.09.2012 | FC St. Pauli II | - | Goslarer SC | 1:4 | ||||
| 9. Jornada | 28.09.2012 | Holstein Kiel | - | FC St. Pauli II | 6:0 | |
|||
| 3. Jornada | 03.10.2012 | FC St. Pauli II | - | SV Wilhelmshaven | 2:3 | ||||
| 11. Jornada | 13.10.2012 | FC Oberneuland | - | FC St. Pauli II | anu. | ||||
| 12. Jornada | 21.10.2012 | FC St. Pauli II | - | Hamburgo II | 1:1 | |
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| 13. Jornada | 24.10.2012 | Victoria Hamburg | - | FC St. Pauli II | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 30.10.2012 | FC St. Pauli II | - | SV Meppen | 0:4 | ||||
| 14. Jornada | 04.11.2012 | FC St. Pauli II | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | |
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