| 7. Jornada | 04.10.2008 | Schalke II | - | SV 07 Elversberg | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 25.10.2008 | Schalke II | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | ||||
| 11. Jornada | 02.11.2008 | SC Verl | - | Schalke II | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 08.11.2008 | Schalke II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 3:3 | ||||
| 17. Jornada | 12.12.2008 | Wormatia Worms | - | Schalke II | 0:2 | ||||
| 20. Jornada | 28.02.2009 | Mainz II | - | Schalke II | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 07.03.2009 | Schalke II | - | 1. FC Kleve | 3:0 | ||||
| 22. Jornada | 15.03.2009 | Bor. Mönchengladbach II | - | Schalke II | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 21.03.2009 | Schalke II | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 04.04.2009 | Schalke II | - | FSV Oggersheim | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 17.04.2009 | Borussia Dortmund II | - | Schalke II | 4:2 | ||||
| 27. Jornada | 25.04.2009 | Schalke II | - | Sportfreunde Lotte | 0:1 | ||||
| 28. Jornada | 02.05.2009 | Schalke II | - | SC Verl | 2:3 | ||||
| 30. Jornada | 13.05.2009 | Schalke II | - | VfL Bochum II | 0:4 |  |
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