| 1. Jornada | 25.07.2009 | Ingolstadt | - | Bayern Múnich II | 2:0 | ||||
| 2. Jornada | 28.07.2009 | Bayern Múnich II | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 09.08.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern Múnich II | 6:0 | ||||
| 4. Jornada | 16.08.2009 | Bayern Múnich II | - | Dynamo Dresden | 0:0 | ||||
| 5. Jornada | 22.08.2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Bayern Múnich II | 4:2 | ||||
| 6. Jornada | 29.08.2009 | Bayern Múnich II | - | Wuppertaler SV | 3:1 | ||||
| 7. Jornada | 01.09.2009 | Stuttgart II | - | Bayern Múnich II | 2:4 | ||||
| 8. Jornada | 06.09.2009 | Bayern Múnich II | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 12.09.2009 | SV Sandhausen | - | Bayern Múnich II | 4:2 | ||||
| 10. Jornada | 18.09.2009 | Bayern Múnich II | - | Jahn Regensburg | 0:5 | ||||
| 17. Jornada | 21.11.2009 | Bayern Múnich II | - | Eintracht Braunschweig | 1:1 |  |
|||
| 18. Jornada | 29.11.2009 | Werder Bremen II | - | Bayern Múnich II | 0:3 | ||||
| 19. Jornada | 05.12.2009 | Bayern Múnich II | - | Kickers Offenbach | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 24.01.2010 | SpVgg Unterhaching | - | Bayern Múnich II | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 06.03.2010 | SV Wehen Wiesbaden | - | Bayern Múnich II | 1:2 | |
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