| 2. Jornada | 23.08.2008 | Mainz II | - | Sportfreunde Lotte | 3:0 | ||||
| 3. Jornada | 31.08.2008 | Schalke II | - | Mainz II | 1:1 |  |
|||
| 4. Jornada | 12.09.2008 | Mainz II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:1 | ||||
| 5. Jornada | 20.09.2008 | VfL Bochum II | - | Mainz II | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 26.09.2008 | Mainz II | - | Colonia | 2:3 |  |
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| 7. Jornada | 03.10.2008 | Eintracht Trier | - | Mainz II | 1:2 | |
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| 8. Jornada | 19.10.2008 | Mainz II | - | BV Cloppenburg | 4:1 | ||||
| 12. Jornada | 07.11.2008 | Mainz II | - | SC Verl | 2:3 | ||||
| 13. Jornada | 16.11.2008 | Mainz II | - | 1. FC Kleve | 6:0 | |
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| 15. Jornada | 29.11.2008 | Mainz II | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 02.12.2008 | Bor. Mönchengladbach II | - | Mainz II | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 21.02.2009 | Sportfreunde Lotte | - | Mainz II | 0:1 | ||||
| 20. Jornada | 28.02.2009 | Mainz II | - | Schalke II | 2:0 | ||||
| 22. Jornada | 14.03.2009 | Mainz II | - | VfL Bochum II | 2:3 |  |
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| 23. Jornada | 21.03.2009 | Colonia | - | Mainz II | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 04.04.2009 | BV Cloppenburg | - | Mainz II | 0:3 | |
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| 26. Jornada | 18.04.2009 | Mainz II | - | Wormatia Worms | 3:1 | ||||
| 27. Jornada | 25.04.2009 | Preußen Münster | - | Mainz II | 0:4 | |
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| 28. Jornada | 04.05.2009 | Mainz II | - | Rot-Weiss Essen | 2:1 |
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