| 3. Jornada | 27.08.2006 | FC St. Pauli II | - | FC Oberneuland | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 14.10.2006 | VfR Neumünster | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 22.10.2006 | FC St. Pauli II | - | Holstein Kiel II | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 29.10.2006 | Eintracht Nordhorn | - | FC St. Pauli II | 5:1 | ||||
| 12. Jornada | 05.11.2006 | FC St. Pauli II | - | VfL Osnabrück II | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 12.11.2006 | ASV Bergedorf | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 25.03.2007 | FC St. Pauli II | - | VfR Neumünster | 0:1 | ||||
| 19. Jornada | 06.04.2007 | FC Oberneuland | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 09.04.2007 | FC St. Pauli II | - | SV Meppen | 3:0 | ||||
| 28. Jornada | 15.04.2007 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Nordhorn | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 22.04.2007 | VfL Osnabrück II | - | FC St. Pauli II | 1:4 | ||||
| 30. Jornada | 29.04.2007 | FC St. Pauli II | - | ASV Bergedorf | 4:1 | ||||
| 31. Jornada | 06.05.2007 | VfL 93 Hamburg | - | FC St. Pauli II | 1:3 | ||||
| 32. Jornada | 13.05.2007 | FC St. Pauli II | - | Hannover II | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 19.05.2007 | BV Cloppenburg | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 23.05.2007 | FC St. Pauli II | - | Altona 93 | 0:2 |
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