| 2. Jornada | 28.07.2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:4 |  |
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| 5. Jornada | 11.08.2012 | VfL Osnabrück | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 25.08.2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Arminia Bielefeld | 0:2 |  |
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| 7. Jornada | 28.08.2012 | Alemannia Aachen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | |
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| 8. Jornada | 01.09.2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Borussia Dortmund II | 5:0 | ||||
| 9. Jornada | 15.09.2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:2 | ||||
| 10. Jornada | 22.09.2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Kickers Offenbach | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 26.09.2012 | Karlsruher SC | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:0 |  |
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| 13. Jornada | 06.10.2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Stuttgarter Kickers | 0:3 | ||||
| 24. Jornada | 02.02.2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfL Osnabrück | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 03.04.2013 | Stuttgart II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 32. Jornada | 06.04.2013 | Stuttgarter Kickers | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 26. Jornada | 16.04.2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | Alemannia Aachen | 3:1 | ||||
| 35. Jornada | 27.04.2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 36. Jornada | 04.05.2013 | Chemnitzer FC | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:2 |  |
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| 27. Jornada | 07.05.2013 | Borussia Dortmund II | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:3 | |
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