| 6. Jornada | 26.09.1999 | Waldhof Mannheim | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 7. Jornada | 01.10.1999 | FC St. Pauli | - | Kickers Offenbach | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 15.10.1999 | Fortuna Köln | - | FC St. Pauli | 2:0 |  |
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| 10. Jornada | 29.10.1999 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 2:2 | |
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| 11. Jornada | 05.11.1999 | FC St. Pauli | - | Chemnitzer FC | 0:0 | |
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| 12. Jornada | 19.11.1999 | Hannover | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 28.11.1999 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 3:1 |  |
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| 15. Jornada | 12.12.1999 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 15.12.1999 | FC St. Pauli | - | Colonia | 1:2 | |
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| 17. Jornada | 19.12.1999 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 2:2 | |
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| 19. Jornada | 20.02.2000 | FC St. Pauli | - | Stuttgarter Kickers | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 25.02.2000 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 05.03.2000 | FC St. Pauli | - | TeBe Berlin | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 10.03.2000 | Bor. Mönchengladbach | - | FC St. Pauli | 2:1 |  |
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| 31. Jornada | 12.05.2000 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 2:1 |
Alemania