| 1. Jornada | 06.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | VfB Pößneck | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 12.08.2006 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:0 | ||||
| 4. Jornada | 26.08.2006 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 09.09.2006 | FSV Zwickau | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 24.09.2006 | Sachsen Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:1 |  |
|||
| 7. Jornada | 30.09.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FSV Budissa Bautzen | 0:3 | ||||
| 8. Jornada | 14.10.2006 | Hallescher FC | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 21.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | SV Dessau 05 | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 04.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Germania Halberstadt | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 11.11.2006 | FC Eilenburg | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 03.12.2006 | ZFC Meuselwitz | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:0 | ||||
| 16. Jornada | 10.12.2006 | VfB Pößneck | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:0 |
Alemania