| 1. Jornada | 04.08.2006 | Werder Bremen II | - | SV Wilhelmshaven | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 25.08.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 02.09.2006 | Kickers Emden | - | SV Wilhelmshaven | 1:3 | ||||
| 7. Jornada | 12.09.2006 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli | 3:3 |  |
|||
| 8. Jornada | 16.09.2006 | Hamburgo II | - | SV Wilhelmshaven | 3:1 | ||||
| 9. Jornada | 22.09.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Holstein Kiel | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 30.09.2006 | Bor. Mönchengladbach II | - | SV Wilhelmshaven | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 14.10.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Rot Weiss Ahlen | 4:1 | |
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| 12. Jornada | 20.10.2006 | VfL Osnabrück | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 13. Jornada | 28.10.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Fortuna Düsseldorf | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 04.11.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Wilhelmshaven | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 08.11.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Dynamo Dresden | 1:1 |
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