| 1. Jornada | 01.08.1999 | Sportfreunde Siegen | - | Borussia Dortmund II | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 08.08.1999 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 3:0 |  |
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| 4. Jornada | 15.08.1999 | Borussia Dortmund II | - | LR Ahlen | 1:3 |  |
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| 6. Jornada | 29.08.1999 | Borussia Dortmund II | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | |
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| 7. Jornada | 05.09.1999 | SV 07 Elversberg | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | ||||
| 11. Jornada | 03.10.1999 | Borussia Dortmund II | - | KFC Uerdingen 05 | 3:0 |  |
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| 10. Jornada | 06.10.1999 | Fortuna Düsseldorf | - | Borussia Dortmund II | 2:2 | |
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| 12. Jornada | 10.10.1999 | FSV Salmrohr | - | Borussia Dortmund II | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 16.10.1999 | Borussia Dortmund II | - | SC Verl | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 07.11.1999 | SC 07 Idar-Oberstein | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 11.03.2000 | FK Pirmasens | - | Borussia Dortmund II | 0:3 | |
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| 28. Jornada | 19.03.2000 | VfL Bochum II | - | Borussia Dortmund II | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 30.03.2000 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Borussia Dortmund II | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 08.04.2000 | Borussia Dortmund II | - | FSV Salmrohr | 2:0 | ||||
| 33. Jornada | 24.04.2000 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 1:0 |
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