| 25. Jornada | 27.01.2013 | Sporting CP B | - | Atlético CP | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 03.02.2013 | Atlético CP | - | Sporting Covilhã | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 10.02.2013 | UD Oliveirense | - | Atlético CP | 4:2 |  |
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| 29. Jornada | 24.02.2013 | Atlético CP | - | FC Arouca | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 03.03.2013 | CD Trofense | - | Atlético CP | 3:2 |  |
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| 31. Jornada | 10.03.2013 | Atlético CP | - | SC Freamunde | 2:2 | ||||
| 32. Jornada | 16.03.2013 | Oporto B | - | Atlético CP | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 30.03.2013 | Atlético CP | - | CD Santa Clara | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 17.04.2013 | Benfica B | - | Atlético CP | 1:1 | ||||
| 37. Jornada | 21.04.2013 | Atlético CP | - | Naval 1° de Maio | 0:2 | ||||
| 39. Jornada | 05.05.2013 | Atlético CP | - | União da Madeira | 0:1 | ||||
| 40. Jornada | 08.05.2013 | CD Tondela | - | Atlético CP | 2:1 | |
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| 41. Jornada | 12.05.2013 | Atlético CP | - | CD Aves | 0:2 | ||||
| 42. Jornada | 18.05.2013 | Portimonense SC | - | Atlético CP | 2:1 |
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