| 1. Jornada | 05.08.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Hamburgo II | 0:0 | ||||
| 2. Jornada | 09.08.2006 | Holstein Kiel | - | 1. FC Magdeburg | 5:0 | ||||
| 3. Jornada | 12.08.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Bor. Mönchengladbach II | 3:0 | ||||
| 4. Jornada | 19.08.2006 | Rot Weiss Ahlen | - | 1. FC Magdeburg | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 26.08.2006 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Osnabrück | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 30.09.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Wuppertaler SV | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 14.10.2006 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 12. Jornada | 21.10.2006 | 1. FC Magdeburg | - | VfB Lübeck | 0:2 | ||||
| 13. Jornada | 28.10.2006 | Werder Bremen II | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 21. Jornada | 10.02.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Holstein Kiel | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 17.02.2007 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 23. Jornada | 24.02.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Rot Weiss Ahlen | 0:2 | ||||
| 25. Jornada | 10.03.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Fortuna Düsseldorf | 2:2 | ||||
| 24. Jornada | 13.03.2007 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 |  |
|||
| 26. Jornada | 17.03.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 36. Jornada | 19.05.2007 | 1. FC Magdeburg | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 |
Alemania