| 1. Jornada | 26.07.2008 | SpVgg Unterhaching | - | Werder Bremen II | 3:0 | ||||
| 2. Jornada | 09.08.2008 | Werder Bremen II | - | SV Sandhausen | 4:3 |  |
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| 4. Jornada | 24.08.2008 | Werder Bremen II | - | Erzgebirge Aue | 4:2 |  |
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| 5. Jornada | 30.08.2008 | Rot-Weiß Erfurt | - | Werder Bremen II | 3:1 | ||||
| 6. Jornada | 12.09.2008 | Werder Bremen II | - | Kickers Emden | 0:1 | ||||
| 7. Jornada | 19.09.2008 | Bayern Múnich II | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 26.09.2008 | Werder Bremen II | - | Stuttgart II | 4:5 | ||||
| 9. Jornada | 04.10.2008 | Kickers Offenbach | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 12.11.2008 | Werder Bremen II | - | Dynamo Dresden | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 15.11.2008 | VfR Aalen | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 28.11.2008 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 2:3 | ||||
| 19. Jornada | 14.12.2008 | Werder Bremen II | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 03.03.2009 | SV Sandhausen | - | Werder Bremen II | 3:1 | ||||
| 25. Jornada | 06.03.2009 | Kickers Emden | - | Werder Bremen II | 3:1 | ||||
| 26. Jornada | 13.03.2009 | Werder Bremen II | - | Bayern Múnich II | 0:0 |
Alemania