1. Jornada 03.08.2012 Erzgebirge Aue - FC St. Pauli 0:0
2. Jornada 11.08.2012 FC St. Pauli - Ingolstadt 1:1
3. Jornada 25.08.2012 Energie Cottbus - FC St. Pauli 2:0
4. Jornada 01.09.2012 FC St. Pauli - SV Sandhausen 2:1
5. Jornada 17.09.2012 Colonia - FC St. Pauli 0:0
6. Jornada 21.09.2012 FSV Frankfurt - FC St. Pauli 2:1
7. Jornada 25.09.2012 FC St. Pauli - VfR Aalen 0:1
8. Jornada 28.09.2012 Jahn Regensburg - FC St. Pauli 3:0
9. Jornada 05.10.2012 FC St. Pauli - 1. FC Union Berlin 2:2
10. Jornada 21.10.2012 SC Paderborn 07 - FC St. Pauli 1:1
11. Jornada 28.10.2012 FC St. Pauli - Dynamo Dresden 3:2
12. Jornada 03.11.2012 TSV 1860 München - FC St. Pauli 0:2
13. Jornada 12.11.2012 FC St. Pauli - VfL Bochum 1:1
14. Jornada 19.11.2012 Hertha - FC St. Pauli 1:0
15. Jornada 25.11.2012 FC St. Pauli - MSV Duisburg 4:1
16. Jornada 28.11.2012 Eintracht Braunschweig - FC St. Pauli 1:0
17. Jornada 01.12.2012 FC St. Pauli - 1. FC Kaiserslautern 1:0
18. Jornada 09.12.2012 FC St. Pauli - Erzgebirge Aue 0:3
19. Jornada 15.12.2012 Ingolstadt - FC St. Pauli 0:0
20. Jornada 03.02.2013 FC St. Pauli - Energie Cottbus 0:0
21. Jornada 10.02.2013 SV Sandhausen - FC St. Pauli 4:1
22. Jornada 18.02.2013 FC St. Pauli - Colonia 0:1 Tarjeta amarilla
23. Jornada 22.02.2013 FC St. Pauli - FSV Frankfurt 3:0
24. Jornada 03.03.2013 VfR Aalen - FC St. Pauli 0:1
25. Jornada 08.03.2013 FC St. Pauli - Jahn Regensburg 3:2
26. Jornada 15.03.2013 1. FC Union Berlin - FC St. Pauli 4:2
27. Jornada 01.04.2013 FC St. Pauli - SC Paderborn 07 2:2 Gol
28. Jornada 06.04.2013 Dynamo Dresden - FC St. Pauli 3:2
29. Jornada 13.04.2013 FC St. Pauli - TSV 1860 München 3:1
30. Jornada 19.04.2013 VfL Bochum - FC St. Pauli 3:0
31. Jornada 28.04.2013 FC St. Pauli - Hertha 2:3
32. Jornada 05.05.2013 MSV Duisburg - FC St. Pauli 0:0
33. Jornada 12.05.2013 FC St. Pauli - Eintracht Braunschweig 5:1