| 6. Jornada | 23.09.2000 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 2:0 | ||||
| 8. Jornada | 15.10.2000 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:3 | ||||
| 9. Jornada | 20.10.2000 | Chemnitzer FC | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 10. Jornada | 29.10.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Saarbrücken | 2:2 | ||||
| 11. Jornada | 05.11.2000 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 13. Jornada | 19.11.2000 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 2:3 |  |
|||
| 14. Jornada | 27.11.2000 | FC St. Pauli | - | Mainz | 2:2 | |
|||
| 15. Jornada | 03.12.2000 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 3:3 | ||||
| 17. Jornada | 14.12.2000 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:0 | ||||
| 18. Jornada | 17.12.2000 | FC St. Pauli | - | LR Ahlen | 3:2 |
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