| 21. Jornada | 05.02.2017 | 1. FC Magdeburg | - | FSV Zwickau | 1:1 |  |
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| 22. Jornada | 11.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | |
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| 23. Jornada | 18.02.2017 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Osnabrück | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 24.02.2017 | MSV Duisburg | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 04.03.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Mainz II | 1:2 | ||||
| 26. Jornada | 10.03.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Preußen Münster | 1:0 |  |
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| 27. Jornada | 14.03.2017 | Werder Bremen II | - | 1. FC Magdeburg | 0:1 | |
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| 28. Jornada | 19.03.2017 | 1. FC Magdeburg | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 25.03.2017 | Holstein Kiel | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | |
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| 30. Jornada | 01.04.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | ||||
| 37. Jornada | 13.05.2017 | VfR Aalen | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 38. Jornada | 20.05.2017 | 1. FC Magdeburg | - | Sportfreunde Lotte | 2:0 | |
Alemania