| 3. Jornada | 19.08.2006 | Germania Schöneiche | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 4. Jornada | 26.08.2006 | SV Babelsberg 03 | - | FC Schönberg 95 | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 13.09.2006 | TSG Neustrelitz | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 23.09.2006 | SV Babelsberg 03 | - | BAK Ankaraspor 07 | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 01.10.2006 | LFC Berlin | - | SV Babelsberg 03 | 1:3 | ||||
| 9. Jornada | 21.10.2006 | Torgelower SV Greif | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 28.10.2006 | SV Babelsberg 03 | - | MSV 1919 Neuruppin | 1:0 |  |
|||
| 13. Jornada | 19.11.2006 | SV Yesilyurt | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 25.11.2006 | SV Babelsberg 03 | - | BFC Preussen | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 02.12.2006 | BFC Dynamo | - | SV Babelsberg 03 | 0:3 |  |
|||
| 17. Jornada | 24.02.2007 | SV Babelsberg 03 | - | FV Motor Eberswalde | 2:1 | ||||
| 18. Jornada | 03.03.2007 | SV Babelsberg 03 | - | Germania Schöneiche | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 21.04.2007 | SV Babelsberg 03 | - | Torgelower SV Greif | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 28.04.2007 | MSV 1919 Neuruppin | - | SV Babelsberg 03 | 1:3 | ||||
| 29. Jornada | 20.05.2007 | BFC Preussen | - | SV Babelsberg 03 | 0:4 | ||||
| 30. Jornada | 27.05.2007 | SV Babelsberg 03 | - | BFC Dynamo | 0:1 |
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