| 2. Jornada | 18.08.2006 | Hansa Rostock | - | Erzgebirge Aue | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 18.09.2006 | Hansa Rostock | - | 1. FC Kaiserslautern | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 24.09.2006 | Augsburgo | - | Hansa Rostock | 1:1 |  |
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| 6. Jornada | 02.10.2006 | Hansa Rostock | - | MSV Duisburg | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 15.10.2006 | Wacker Burghausen | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 29.10.2006 | Colonia | - | Hansa Rostock | 2:2 |  |
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| 10. Jornada | 03.11.2006 | Hansa Rostock | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 07.11.2006 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 0:2 | ||||
| 12. Jornada | 10.11.2006 | Hansa Rostock | - | Eintracht Braunschweig | 4:0 | |
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| 16. Jornada | 10.12.2006 | Hansa Rostock | - | TSV 1860 München | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 15.12.2006 | SpVgg Unterhaching | - | Hansa Rostock | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 28.01.2007 | Erzgebirge Aue | - | Hansa Rostock | 3:0 | ||||
| 20. Jornada | 04.02.2007 | Hansa Rostock | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:0 | |
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| 22. Jornada | 18.02.2007 | Hansa Rostock | - | Augsburgo | 2:2 | ||||
| 27. Jornada | 30.03.2007 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 30. Jornada | 23.04.2007 | Hansa Rostock | - | Karlsruher SC | 1:2 | ||||
| 32. Jornada | 06.05.2007 | Hansa Rostock | - | TuS Koblenz | 0:3 |
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