| 29. Jornada | 31.03.2009 | Dynamo Dresden | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 07.04.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 11.04.2009 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 | ||||
| 32. Jornada | 18.04.2009 | VfR Aalen | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:2 | ||||
| 36. Jornada | 13.05.2009 | Fortuna Düsseldorf | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 38. Jornada | 23.05.2009 | SV Sandhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 |
Alemania