| 1. Jornada | 31.07.1998 | FC St. Pauli | - | TeBe Berlin | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 09.08.1998 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 1:0 |  |
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| 3. Jornada | 13.08.1998 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 1:0 | |
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| 4. Jornada | 17.08.1998 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 5. Jornada | 24.08.1998 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 1:2 | ||||
| 6. Jornada | 14.09.1998 | Colonia | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 7. Jornada | 20.09.1998 | FC St. Pauli | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 27.09.1998 | Hannover | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 11. Jornada | 25.10.1998 | FC Gütersloh | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 14. Jornada | 15.11.1998 | FC St. Pauli | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 20.11.1998 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 16. Jornada | 01.12.1998 | FC St. Pauli | - | KFC Uerdingen 05 | 2:3 |  |
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| 17. Jornada | 22.02.1999 | Stuttgarter Kickers | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 20. Jornada | 26.02.1999 | SG Wattenscheid 09 | - | FC St. Pauli | 4:2 | |
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| 18. Jornada | 04.03.1999 | TeBe Berlin | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 21. Jornada | 07.03.1999 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 1:0 | |
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| 22. Jornada | 12.03.1999 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 0:0 | |
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