| 1. Jornada | 13.08.2006 | SV Lippstadt 08 | - | FCE Rheine | 3:0 | ||||
| 2. Jornada | 20.08.2006 | FCE Rheine | - | Hammer SpVg | 0:1 | ||||
| 3. Jornada | 27.08.2006 | SF Oestrich-Iserlohn | - | FCE Rheine | 2:1 | ||||
| 4. Jornada | 03.09.2006 | FCE Rheine | - | SpVgg Erkenschwick | 4:1 |  |
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| 5. Jornada | 10.09.2006 | Arminia Bielefeld II | - | FCE Rheine | 4:2 | |
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| 6. Jornada | 17.09.2006 | FCE Rheine | - | SV Emsdetten 05 | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 23.09.2006 | VfL Bochum II | - | FCE Rheine | 4:0 | ||||
| 8. Jornada | 01.10.2006 | FCE Rheine | - | SC Verl | 1:2 | |
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| 9. Jornada | 15.10.2006 | Delbrücker SC | - | FCE Rheine | 0:1 | |
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| 10. Jornada | 22.10.2006 | FCE Rheine | - | Rot Weiss Ahlen II | 3:0 | |
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| 11. Jornada | 29.10.2006 | Westfalia Herne | - | FCE Rheine | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 05.11.2006 | FCE Rheine | - | VfB Hüls | 2:0 | |
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| 13. Jornada | 10.11.2006 | Preußen Münster | - | FCE Rheine | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 18.11.2006 | FCE Rheine | - | Sportfreunde Lotte | 2:3 | ||||
| 15. Jornada | 03.12.2006 | FCE Rheine | - | Schalke II | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 08.12.2006 | SG Wattenscheid 09 | - | FCE Rheine | 1:3 | ||||
| 17. Jornada | 17.12.2006 | FCE Rheine | - | FC Gütersloh 2000 | 0:0 |
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