| 22. Jornada | 19.02.2006 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Saarbrücken | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 03.03.2006 | Wacker Burghausen | - | LR Ahlen | 1:3 | ||||
| 26. Jornada | 17.03.2006 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:2 |  |
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| 27. Jornada | 24.03.2006 | Dynamo Dresden | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 29.03.2006 | Wacker Burghausen | - | TSV 1860 München | 1:0 | ||||
| 28. Jornada | 02.04.2006 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 0:2 | |
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| 29. Jornada | 09.04.2006 | TSV 1860 München | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 16.04.2006 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Braunschweig | 1:2 | ||||
| 31. Jornada | 21.04.2006 | VfL Bochum | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 32. Jornada | 02.05.2006 | Wacker Burghausen | - | SC Paderborn 07 | 5:1 | ||||
| 33. Jornada | 07.05.2006 | Sportfreunde Siegen | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 14.05.2006 | Wacker Burghausen | - | Alemannia Aachen | 1:1 |
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