| 1. Jornada | 11.08.1999 | 1. FC Magdeburg | - | BFC Dynamo | 1:1 | ||||
| 2. Jornada | 14.08.1999 | Dresdner SC | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 20.08.1999 | 1. FC Magdeburg | - | VfB Leipzig | 0:1 |  |
|||
| 4. Jornada | 24.08.1999 | TeBe Berlin II | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 5. Jornada | 29.08.1999 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Magdeburg | 2:3 | ||||
| 6. Jornada | 07.09.1999 | 1. FC Magdeburg | - | FSV Zwickau | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 11.09.1999 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | |
|||
| 9. Jornada | 25.09.1999 | VfL Halle 96 | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 01.10.1999 | 1. FC Magdeburg | - | Dynamo Dresden | 1:2 | |
|||
| 18. Jornada | 05.02.2000 | BFC Dynamo | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | |
|||
| 20. Jornada | 18.02.2000 | VfB Leipzig | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 27.02.2000 | 1. FC Magdeburg | - | TeBe Berlin II | 6:1 | |
|||
| 22. Jornada | 05.03.2000 | 1. FC Magdeburg | - | SV Babelsberg 03 | 1:4 | ||||
| 23. Jornada | 11.03.2000 | FSV Zwickau | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | |
|||
| 25. Jornada | 25.03.2000 | Hertha II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 26. Jornada | 02.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Halle 96 | 1:1 |
Polonia