| 2. Jornada | 09.08.1998 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 3. Jornada | 13.08.1998 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 1:0 |  |
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| 4. Jornada | 17.08.1998 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 5. Jornada | 24.08.1998 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 1:2 |  |
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| 6. Jornada | 14.09.1998 | Colonia | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 7. Jornada | 20.09.1998 | FC St. Pauli | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 02.10.1998 | FC St. Pauli | - | SSV Ulm 1846 | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 15.11.1998 | FC St. Pauli | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 01.12.1998 | FC St. Pauli | - | KFC Uerdingen 05 | 2:3 | |
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