| 1. Jornada | 05.08.2006 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 2. Jornada | 09.08.2006 | FC St. Pauli | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 17.11.2006 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 22. Jornada | 17.02.2007 | FC St. Pauli | - | VfB Lübeck | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 21.02.2007 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 10.03.2007 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 26. Jornada | 16.03.2007 | FC St. Pauli | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 |  |
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| 27. Jornada | 24.03.2007 | Bayer Leverkusen II | - | FC St. Pauli | 2:1 |  |
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| 28. Jornada | 27.03.2007 | FC St. Pauli | - | Kickers Emden | 2:0 | |
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| 30. Jornada | 04.04.2007 | Hamburgo II | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 31. Jornada | 14.04.2007 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 2:0 | ||||
| 33. Jornada | 27.04.2007 | FC St. Pauli | - | Rot Weiss Ahlen | 3:0 | ||||
| 34. Jornada | 05.05.2007 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 35. Jornada | 12.05.2007 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | ||||
| 38. Jornada | 02.06.2007 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:1 |
Alemania