| 17. Jornada | 09.11.2012 | SpVgg Unterhaching | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 13.11.2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 09.02.2013 | Hallescher FC | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 13.02.2013 | Darmstadt | - | SV Babelsberg 03 | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 23.02.2013 | VfL Osnabrück | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 |  |
|||
| 26. Jornada | 10.04.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Stuttgart II | 0:0 | ||||
| 33. Jornada | 13.04.2013 | Karlsruher SC | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 | |
|||
| 22. Jornada | 16.04.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Hansa Rostock | 2:1 | ||||
| 34. Jornada | 20.04.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 35. Jornada | 27.04.2013 | Stuttgarter Kickers | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 30.04.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Borussia Dortmund II | 1:1 | ||||
| 36. Jornada | 04.05.2013 | SV Babelsberg 03 | - | SpVgg Unterhaching | 3:1 | ||||
| 37. Jornada | 11.05.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Wacker Burghausen | 0:4 | ||||
| 38. Jornada | 18.05.2013 | Preußen Münster | - | SV Babelsberg 03 | 4:1 |
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